2016年1月1日新修订的《大气污染防治法》正式实施，这也是新《环保法》通过后修改的第一部单项法。
该法案明确提出政府部门要加大对大气污染防治的财政投入，并对省、自治区、直辖市大气环境质量改善目标、大气污染防治重点任务完成情况进行考核，把环境治理与经济发展提升到同等重要的水平。新修订的《大气污染防治法》取消了现行《大气污染防治法》对造成大气污染事故罚款50万元上限额度的规定，变为按倍数计罚，并提出按日计罚。专家表示，这是重典治霾的具体体现，必将对污染企业产生巨大的震慑作用。
2016年6月12日，环保部网站发布《水污染防治法(修订草案)》(征求意见稿)及其编制说明。这是《水污染防治法》施行8年以来的较大规模修订。
修订主要内容有：加强流域水污染联合防治与生态保护，规定建立重要江河、湖泊的流域水环境保护联动协调机制，组织评价，实施生态修复工程;完善水污染防治监督管理制度，做好排污许可与总量控制、达标排放等制度的衔接，完善环境监测制度，并建立有毒有害水污染物名录;强化重点领域水污染防治措施，特别是工业废水、地下水污染、农业和农村水污染、船舶污染防治方面，分别实施针对性的措施;未监测工业废水最高可罚20万。
2016年7月8日，工信部、财政部发布《重点行业挥发性有机物削减行动计划》。
根据《计划》，到2018年，工业行业VOCs排放量比2015年消减330万吨以上，减少苯、甲苯、二甲苯、二甲基甲酰胺(DMF)等溶剂、助利使用量20%以上，低(无)VOCs的绿色农药制剂、涂料、油墨、胶黏剂和轮胎产品比例分别达到70%、60%、70%、85%和40%以上。《计划》提出实施原料替代工程、实施工艺技术改造工程、实施回收及综合治理工程等三个方面的主要任务。
2016年11月10日，国务院办公厅印发《控制污染物排放许可证制实施方案》，明确到2020年完成覆盖所有固定污染源的排污许可证核发工作，简历控制污染物排放许可制，实现“一证式”管理。
根据方案将分行业推进排污许可管理，逐步实现排污许可证全覆盖。率先对火电、造纸行业企业核发排污许可证，2017年完成《大气污染防治行动计划》和《水污染防治行动计划》重点行业及产能过剩行业企业排污许可证核发，2020年全国基本完成排污许可证核发。
2016年12月25日，环境保护税法获得十二届全国人大常委第二十五次会议表决通过。环保税法是我国第一部专门体现“绿色税制”、推进生态文明建设的单行税法，将于2018年1月1日起施行。
制定环保税法的一个很重要原则是实现排污费制度向环保税制度的平衡转移。纳税人为在我国领域和管辖海域直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者，征税对象则为大气污染物、水污染物、固体废物和噪声。在税负方面，草案以现行排污费收费标准作为环境保护税的税额下限，允许各地在规定基础上进行上浮。但这并不意味着企业的税负将会增加，因为现行排污费也同样是各地有别，比如北京的收费标准是最低标准的8-9倍。
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